Морфология микроорганизмов изучает их внешний вид, форму и особенности строения, способность к движению, спорообразованию, способы размножения.
Морфологические признаки играют большую роль в распознавании и классификации микроорганизмов.
Положение микроорганизмов в живом мире
С древнейших времен живой мир делили на два царства: царство растений и царство животных. А. Левенгук, открывший мир микроскопических живых существ, считал, что они являются «маленькими живыми зверушками». До XIX в. микроорганизмы рассматривались как мельчайшие существа живой природы. Во второй половине XIX в. все микроорганизмы были выделены в царство «Protista» (от греч. protos – самый простой). В середине XX в. эту группу организмов разделили на высшие и низшие протисты. Такое деление было основано на особенностях клеточной организации, отражающей уровень эволюции.
Высшие протисты имеют эукариотное строение клетки, низшие – прокариотное. Прокариоты существенно отличаются от эукариот прежде всего тем, что у них в клетке нет обособленного ядра, отделенного от цитоплазмы собственной мембраной; второе отличие прокариот – отсутствие цитоплазматических органелл, окруженных мембраной, у эукариотных клеток имеется хорошо развитая система клеточных мембран (эндоплазматическая сеть, аппарат Гольджи, митохондрии). Третья особенность прокариотной клетки состоит в том, что рибосомы имеют малые размеры и рассеяны в цитоплазме; в эукариотной клетке рибосомы крупнее и расположены преимущественно на поверхности мембран эндоплазматической сети.
В 1969 г. была предложена схема разделения живых организмов, имеющих клеточное строение, на пять царств: Животные, Растения, Грибы, Протисты, Прокариоты. Эта схема классификации живых организмов отражает три основных уровня их клеточной организации:
- Monera (монера) – прокариотные (доядерные) организмы;
- Protista (протиста) – микроскопические одноклеточные формы жизни, возникающие в результате качественного скачка в процессе эволюции, приведшего к появлению эукариотных клеток, имеющих дифференцированное ядро;
- эукариоты – многоклеточные, включающие три царства: растения, животные и грибы, различающиеся способом питания.

Рис. 1. Универсальное филогенетическое древо, состоящее из трех доменов (по К.
Воузу)
В настоящее время большинство микробиологов придерживаются разделения клеточных организмов на три домена (царства) – Bacteria, Archaea, Eucarya, введенного английским микробиологом К. Воузом с соавторами в 1977 г. (рис. 1). Он впервые предложил концепцию архебактерий, затем названных им археями. Основное отличие этой схемы от предыдущих и последующих систем состоит в том, что организмы всех трех линий эволюции появились от одного общего предка одновременно или почти одновременно. Эта система построена в результате молекулярно-биологических исследований. Бактерии и археи являются прокариотами, все остальные – эукариотами (эукариями).
Отдельно существует царство вирусов (Vira) – представителей неклеточной формы жизни.