В ферментативной кинетике кроме уравнения Михаэлиса– Ментен существуют уравнения, учитывающие ингибирование субстратом:
 (12.21)
где K_i – константа ингибирования.

Конкурентное и неконкурентное ингибирование вторым субстратом описывается уравнениями:
 (12.22)
 (12.23)
где Κ₁ – константа Михаэлиса по субстрату S₁; K₂ – константа ингибирования по субстрату S₂.

Конкурентное и неконкурентное ингибирование продуктом реакции выражается соотношениями:
 (12.24)
 (12.25)
где K_S – константа Михаэлиса по субстрату; K_p – константа ингибирования по продукту.

Подобно кинетике микробиологических процессов в ферментативной кинетике учитывается влияние температуры и величины рН на скорость реакции.

Аналогично ферментации можно учитывать инактивацию продукта Р.
V = V(S, P) – KP. (12.26)

Есть особенность ферментативных реакций, связанная с деградацией самого фермента. При выводе уравнения Михаэлиса–Ментен эту особенность не учитывали. Но фермент – вещество лабильное, и оно подвергается старению и разложению. Особенно это касается протеолитических ферментов, т. е. ферментов, способствующих разложению белковых веществ. Наряду с «чужими» белками, протеолитические ферменты часто разрушают собственных «братьев» – белковые молекулы самих протеолитических ферментов.

Деградацию ферментов можно учитывать по выражению
 (12.27)
где k – константа скорости деградации фермента.

Возможны и другие варианты кинетики деградации фермента:
 (12.28)              (12·29)
где К₁ и K₂ – кинетические константы.

Процессы биокатализа и биотрансформации могут быть периодическими, непрерывными, с подпиткой субстратом и с подпиткой ферментом.

Вместо очищенных ферментов в них могут использоваться ферменты, имеющие примеси, и даже убитые или неразмножающиеся клетки, сохранившие ферментативную активность.

Уравнения кинетики позволяют проводить расчет и оптимизацию подобных процессов.

Следует обратить внимание на одну важную особенность биокаталитических процессов. Условия, оптимальные для биокатализа (основного процесса), могут быть неоптимальны в отношении старения биокатализатора (фермента). Например, низкая температура хороша для предотвращения старения, но замедляет ход самого процесса биокатализа или биотрансформации.

То же и с величиной рН – значения оптимумов для процесса биокатализа и для предотвращения старения фермента могут различаться.

Компромисс между этими противоречивыми требованиями и должен обеспечивать оптимизационный расчет.