Метод заключается в фильтровании абсолютно прозрачного пищевого продукта, например осветленного сока, через специальный материал, задерживающий микробные клетки. Фильтрующим материалом может быть прессованная асбесто-целлюлозная масса, размеры пор которой меньше микробной клетки.
Достоинством метода является отсутствие тепловой обработки, что позволяет максимально сохранить все биологически активные вещества и органолептическую ценность. Однако при использовании «бестемпературной» стерилизации в продукте остаются активные комплексы ферментов, которые влияют на его цвет, вкус и аромат при хранении. Поэтому продукт перед стерилизацией приходится обрабатывать с целью инактивации ферментов.
Чтобы исключить вторичное заражение продукта после стерилизующей фильтрации стерильными должны быть обеспложивающий фильтр, разливочный аппарат, консервная тара, укупорочные машина и материалы, воздух в помещении. Обслуживающий персонал должен принимать особые меры предосторожности, чтобы не внести инфекцию в продукт.
К недостаткам метода относится применимость к ограниченному числу пищевых продуктов - только к жидким и полностью прозрачным продуктам (вино, пиво, соки и др.), большие потери сока и высокая эксплуатационная стоимость.
На практике удаление бактериальных клеток и спор мембранными технологиями (микрофильтрация) используется при получении молока с увеличенным сроком годности - до 3 недель при надлежащей работе холодильной цепи. Из-за одинакового размера бактериальных спор и глобул молочного жира микрофильтрации подвергают не цельное, а предварительно обезжиренное молоко. Еще один сдерживающий фактор - размер казеиновых мицелл. Чтобы свести к минимуму изменения в составе молока в промышленном масштабе обычно используют керамические мембраны с диаметром пор 0,81,4 мкм. Через такие поры могут проникать некоторые бактерии, в связи с чем для гарантии удаления вегетативных патогенных микроорганизмов молоко приходится пастеризовать.