Молокосвертывающие энзимы поступают на сыродельные заводы в концентрированном виде. Перед использованием их разбавляют водой в зависимости от исходной активности в 20—40 раз для того, чтобы более равномерно распределить в молоке. Как только энзим разведут в воде, его активность начинает снижаться, поэтому рабочие растворы энзимов готовят не раньше чем за 20-30 мин до использования. Количество энзима, которое нужно внести в молоко, определяют исходя из планируемой продолжительности и температуры свертывания молока (25-35 мин для полножирных и 30-40 мин для сыров пониженной жирности при 32-36° С). Использование воды с температурой выше 45° С приводит к снижению активности энзимов, плотности сгустка, качества и выхода сыра. Детали определения требуемого количества энзима приведены в технологических инструкциях по производству сыров.
Если сычужная проба покажет низкую способность молока к свертыванию (сычужновялое молоко), то такое молоко лучше не перерабатывать на твердые сыры. При необходимости его переработки увеличивать скорость свертывания нужно повышением дозы закваски или хлористого кальция, но не молокосвертывающего энзима, большое количество которого может вызвать горечь в сыре.
Особое внимание необходимо уделять качеству воды для приготовления растворов энзимов. Вода должна иметь pH не выше 6,6, так как в более жесткой воде активность молокосвертывающих энзимов, особенно химозина и свиного пепсина, снижается. Жесткую воду следует подкислять до pH 6,4-6,5. Оноприйко рекомендует растворять молокосвертывающие энзимы в электролитически активированной воде с pH 2,5-2,7. Нельзя использовать для приготовления растворов молокосвертывающих энзимов, а также для мойки посуды, хлорированную воду, так как в присутствии хлора активность энзимов быстро снижается.
Жидкие препараты молокосвертываюших энзимов необходимо хранить при низких положительных температурах для предотвращения размножения в них микроорганизмов. Известны случаи загрязнения сыров через сычужный энзим микроорганизмами, вызывающими пороки продукта. Davis считает, что препараты сычужного энзима с посторонними запахами нельзя применять в производстве, так как запахи косвенно свидетельствуют о развитии микрофлоры в препаратах.
Выбор молокосвертывающего энзима зависит от вида сыра: чем длительнее срок созревания сыра, тем большее значение имеет общая протеолитическая активность энзима и выше опасность появления обусловленных ею пороков.
Большое влияние на качество сыра оказывает наличие нерастворимого осадка в сухих препаратах молокосвертывающих энзимов. Количество пепсинов, захватываемое сгустком, пропорционально содержанию этого осадка. Чем хуже очищены энзимы, тем выше содержание нерастворимого осадка, тем большее количество пепсинов попадет в сгусток, тем выше будет степень неспецифического протеолиза и вероятность возникновения горечи в сырах.