Микрофлору, способную ухудшить показатели реализации и безопасности твердых сыров, можно разделить на три группы. Представители первой группы размножаются во время выработки и созревания сыра до тех пор, пока в сырной массе есть углеводы. К ним относятся факультативно анаэробные грамотрицательные палочки (семейство Enterobacteriaceae: Escherichia, БГКП, Shigella, Salmonella, Yersinia и др.), грамположительные неспорообразующие палочки правильной формы (,Lactobacillus, Listeria), грамположительные кокки, факультативные анаэробы (Staphylococcus, Enterococcus). Микроорганизмы этой группы при размножении до определенного уровня вызывают пороки вкуса и запаха, консистенции и рисунка, раннее вспучивание (БГКП), токсикозы и токсикоинфекции. Главные меры по предупреждению размножения этих видов до критического уровня - соблюдение режима пастеризации и санитарных правил по производству сыра, обеспечение нужной скорости молочнокислого брожения.
Ко второй группе относятся спорообразующие грамположительные анаэробные палочки рода Clostridium, способные получать энергию путем сбраживания лактатов (маслянокислые бактерии). Эти бактерии могут размножаться на протяжении всего периода созревания твердых сыров. Они вызывают появление прогорклого, слащавого вкуса, мажущейся консистенции, рваного, броженого, излишне развитого рисунка, позднего вспучивания, белесой окраски сырного теста. Главной мерой профилактики развития маслянокислых бактерий в твердых сырах является отбраковка молока, обсемененного спорами этих бактерий, бактофу- гирование и микрофильтрация молока, контроль качества силоса, прекращение производства чувствительных к маслянокислому брожению сыров в периоды силосного кормления коров. Дополнительными мерами являются использование нитратов, заквасок, обладающих специфическим антагонизмом к споровым анаэробам, корректировка технологии в периоды наиболее вероятного загрязнения молока спорами маслянокислых бактерий в направлении снижения массовой доли влаги и повышения массовой доли соли, снижения температуры посолки, созревание сыров при температурах ниже 12° С.
К третьей группе относятся аэробные/микроаэрофильные грамотрицательные психротрофные палочки (Pseudomonas, Flavobacterium и др.), которые, размножаясь в молоке, образуют протеолитические и липолитические энзимы, сохраняющие активность после пастеризации молока. Главные меры профилактики: соблюдение гигиены получения молока, поддержание температуры молока при длительном хранении на уровне 3—4° С. Дополнительные меры: созревание молока в пастеризованном виде с внесением специальных заквасок.