Многие микроорганизмы не только выживают, но и активно размножаются в рассоле и оказывают негативное влияние на внешний вид и другие показатели сыра. Salomskene нашла тесную обратную корреляцию между содержанием в рассоле протеолитических, психротрофных бактерий, дрожжей и плесневых грибов, с одной стороны, и качеством твердых сыров, с другой. На основании ее исследований в Литве установлены следующие микробиологические показатели для рассола (КОЕ/см3): общее количество бактерий - не выше 20-103; БГКП - не более 50; протеолиты - не более 103; дрожжи - не более 102. Следует отметить, что это очень жесткие нормативы, но в них укладывается до 70% литовских предприятий.