Пропускная способность системы удаления сточных вод должна быть рассчитана на пиковую нагрузку и устроена так, чтобы исключить возможность загрязнения воды и продукта. Канализационная система должна быть герметичной и оснащена затворами, которые должны регу­лярно проверяться, для того чтобы не допустить их обсушки, и решетками.

Главный коллектор должен быть расположен на значительно более низком уровне, чем производственные помещения, чтобы исключить возможность обратного потока сточных вод. Стоки из помещений для обработки сырого молока, лабораторий, бытовых помещений, внешние стоки не должны проходить через производственные помещения. Стоки с охладительных установок, установок для кондиционирования воздуха, конденсат пара должны поступать по закрытой системе непосредствен­но в канализацию, а не выливаться на пол. Ливневая канализация долж­на быть достаточной для удаления дождевой влаги в пиковых ситуациях. Недопустим выход сточных вод из канализационных люков.

Сухие отходы хранятся в закрытых контейнерах, недоступных для проникновения вредителей; контейнеры должны освобождаться от от­ходов не реже одного раза в сутки. После разгрузки они моются и де­зинфицируются. Особое внимание следует уделять отходам микробио­логических лабораторий, которые могут быть загрязнены самой разно­образной микрофлорой. Желательно, чтобы контейнеры для мусора и отходов размещались в отдельных помещениях, физически изолирован­ных от зон повышенного риска.