Вентиляция должна способствовать созданию нормальных условий как для персонала, так и для технологического процесса и качества конечного продукта. Она должна быть так устроена, чтобы исключить или свести до минимума загрязнение продукта через воздух.
Молочные предприятия в настоящее время оснащаются системами вентиляции, нагревания и кондиционирования воздуха, которые должны предотвратить образование конденсата, понизить влажность воздуха, и тем самым уменьшить опасность развития бактерий и плесневых грибов, загрязненность воздуха. Она должна обеспечить полную обсушку производственных помещений и оборудования после мойки и дезинфекции, по крайней мере один раз в сутки. Система должна периодически очищаться и дезинфицироваться: особое внимание при этом нужно обращать на вентиляторы, поддоны для сбора конденсата и осушители воздуха.
Входы в систему должны располагаться на один метр выше пола или другой поверхности, на которой может скапливаться пыль и грязь, чтобы не засасывать их в систему. Воздух, подаваемый в зоны наивысшего риска (помещения для выработки сыра, приготовления закваски, камеры для созревания), должен пропускаться через фильтры, задерживающие механические загрязнения и конденсат. Для заквасочных целесообразно иметь автономную систему приточной вентиляции со стерилизацией подаваемого воздуха. Отдельная система вентиляции желательна и для лабораторий, особенно микробиологической, с тем чтобы не загрязнять воздух производственных помещений микрофлорой, бактериофагами, химикалиями.
Воздушные фильтры должны содержаться в чистоте и периодически обновляться. В зонах повышенного риска необходимо поддерживать избыточное давление. Рекомендуются раздельные вентиляционные системы для помещений, в которых обрабатывается сырье и вырабатывается сыр, для того чтобы воздух из сырьевых зон не попадал в зоны повышенного риска. При общей системе вентиляции воздушный поток должен быть направлен из производственных в сырьевые зоны, а не наоборот. Все входы и выходы в вентиляционных системах должны иметь устройства (экраны, решетки, ловушки), исключающие попадание в систему птиц и грызунов.