Сыры вырабатывают из нестерильного сырья в контакте с несте­рильной внешней средой. Это обусловливает возможность их загрязне­ния технически вредной и патогенной микрофлорой. В сырах могут размножаться факультативно анаэробные и анаэробные сахаролитиче­ские микроорганизмы, а в мягких сырах - и аэробные микроорганизмы. Сахаролитические виды бактерий размножаются в сыре, пока не сбро­жены все углеводы, после чего они начинают постепенно вымирать. Микроорганизмы, способные получать энергию сбраживанием лакта­тов, могут размножаться в сырах на всем протяжении созревания. Сыры употребляют в пищу, как правило, без кулинарной обработки.

Безопасность для потребителя сыров обеспечивается пастеризаци­ей молока, развитием молочнокислых бактерий закваски, быстро утили­зирующих углеводы и подавляющих или ограничивающих рост вредной микрофлоры.

Необходимое условие выработки сыров, безопасных для здоровья потребителя - высокий уровень гигиены, необходимо поддерживать по всей цепочке: от коровы до реализации продукта. Особое внимание сле­дует уделять управлению процессами в контрольных критических точ­ках, где допущенные нарушения не поддаются или только частично поддаются исправлению на последующих этапах.