Наличие в молоке и сыре механических загрязнений оказывает защитное действие на микроорганизмы во время тепловой обработки, снижает показатели безопасности и недопустимо с точки зрения эстетики. Показатель механической загрязненности молока входит в число показателей сортности. Молоко обязательно фильтруют на ферме. При проведении фильтрации следует тщательно следить за чистотой фильтров, так как грязные фильтры могут стать существенным источником заражения молока микрофлорой.
На заводах молоко очищают сразу после приемки и во время тепловой обработки, используя центробежные молокоочистители. Во время пастеризации молокоочистители ставят на пути молока из секции регенерации в секцию пастеризации, тем самым создавая дополнительное давление в секции пастеризации, препятствующее загрязнению пастеризованного молока сырым в секции регенерации, что возможно при наличии микротрещин в пластинах или прокладках пастеризационной установки.