В связи с жизнедеятельностью микроорганизмов муки, связанной с поглощением кислорода воздуха и окислени­ем ее моносахаров, происходит выделение СО₂, влаги и теплоты:

Белковые вещества, углеводы и липиды муки при хра­нении подвергаются действию развивающихся микроор­ганизмов в основном плесневых грибов — микромицетов. Некоторые плесневые грибы, например, Aspergillus niger, при определенных условиях и благодаря каталитическому действию фермента глюкозооксидазы практически пол­ностью превращают глюкозу в глюконовую кислоту.

В процессе развития микроорганизмы потребляют са­хара муки. При достаточном доступе кислорода из послед­них образуется стеариновая кислота (для протекания этой реакции необходимо затратить 3 953 кДж на 5 грамм-мо­лекул потребляемого сахара):

Эпифитная микрофлора провоцирует самосогревание муки и ее порчу. Из-за плохой теплопроводности муки вы­деляющаяся при дыхании теплота задерживается, и тем­пература муки постепенно повышается. Самосогревание муки происходит в результате активной жизнедеятельно­сти населяющей ее микрофлоры при повышенной влаж­ности, оптимальной температуре и достаточном доступе воздуха. Этот процесс обычно сопровождается слежива­нием муки в комки, ее плесневением и появлением непри­ятного затхлого запаха.

Процессы самосогревания развиваются при повышен­ной влажности муки (15,5% и выше).

Повышение влажности и температуры муки создает условия, благоприятные для развития в муке плесневой и бактериальной микрофлоры, приводящего к интенсифи­кации окислительных процессов. Наличие воздушных зон между частицами муки способствует развитию мицелия плесневых грибов во всей ее массе.

Плесневение ухудшает вкус муки (он становится кис­лым), запах (он становится плесенным, затхлым), повы­шает общую кислотность; интенсивная жизнедеятель­ность микроорганизмов вызывает ее «прокисание» — в му­ке появляется специфический кислый вкус и запах.

Прокисание муки — результат размножения молочно­кислых бактерий, сбраживающих сахара муки с образо­ванием кислот.

Прогоркание муки — частично химический процесс окисления жиров муки кислородом воздуха, частично био­химический — результат ферментативного гидролиза жи­ров липолитическими ферментами некоторых бактерий и плесневых грибов. Этот процесс сопровождается развити­ем в муке крахмалоразлагающих и кислотообразующих бактерий. Продуктами метаболизма крахмалоразлагаю­щих бактерий при действии на крахмал являются сахара; кислотообразующих бактерий — органические кислоты, образующиеся из этих сахаров. Содержание крахмала в муке уменьшается вследствие расхода его на развитие крахмалоразлагающих микроорганизмов муки.

При активном развитии процесса плесневения затх­лый запах сохраняется в продукте. Поэтому такая мука непригодна к переработке.

Появление кислого запаха обусловлено образующими­ся летучими органическими кислотами. При просеивании такой муки часть кислот улетучивается, и запах стано­вится менее выраженным.

При хранении возможно уплотнение и слеживание муки под действием собственной массы.

Слеживание муки — это уплотнение массы муки, вы­званное неблагоприятными условиями ее хранения. В ре­зультате слеживания сыпучесть муки резко уменьшается, и могут образоваться монолиты. Слеживание муки неже­лательно, так как необходимо обеспечить ее разрыхление.

Пищевые микромицеты способны образовывать мно­гочисленные микотоксины, некоторые из них канцероген­ны. Наибольшую опасность пред­ставляют афлатоксины, обнару­женные в пшенице и продуктах ее переработки — муке, крупке и хлебе. 

Афлатоксин B₁ — самый ак­тивный канцероген. Афлатоксины концентрируются в периферийных частях зерна, по­этому в муке высшего сорта их содержание минимально. В процессе приготовления теста и выпечки содержание афлатоксинов уменьшается.