В созревании твердых и мягких сыров используют факультативно анаэробные микроорганизмы - молочнокислые и пропионовокислые бак­терии. В производстве сыров с низкими температурами II нагревания традиционно используют лактококки и лейконостоки, сыров с высокими температурами II нагревания - термофильные лактобациллы и стрепто­кокк, лактококки и пропионовокислые бактерии. В последние годы в производстве обоих классов сыров все чаще используют мезофильные лактобациллы. В сырах есть экологическая ниша для мезофильных лак­тобацилл, которую при отсутствии этих бактерий в составе заквасок за­нимают «дикие» штаммы лактобацилл, попадающие в сыры с сырым молоком или из окружающей среды. В зависимости от вида и индивиду­альных свойств штаммов они могут ухудшать и улучшать качество сыра. Включение в состав заквасок специально отобранных штаммов мезо­фильных лактобацилл, обладающих ценными для сыроделия свойства­ми, в частности специфическим антагонизмом к технически вредной микрофлоре или расщепляющих горькие пептиды, вытесняет «дикие» штаммы лактобацилл из сыра и повышает качество сыра. Успешное ис­пользование мезофильных лактобацилл возможно при тщательном отбо­ре штаммов и точной дозировке их в составе закваски.

Селекцию пропионовокислых бактерий следует вести по устойчи­вости к концентрации соли, применяемой при выработке сыра, отсутст­вию газообразования при низких температурах. Очень важно, чтобы молочнокислые бактерии в заквасках для крупных сыров не ингибиро­вали рост пропионовокислых бактерий.

В твердых сырах имеются экологические ниши для энтерококков и педиококков. Роль педиококков в созревании сыров неясна; развитие энтерококков в сырах должно быть максимально ограничено путем поддержания оптимальной скорости молочнокислого брожения.